En moyenne moins urbanisée que ses voisines, la Bourgogne-Franche-Comté est une des régions les plus vertes de France. C’est aussi un des territoires les moins artificialisés du pays (7 % du territoire contre 8,2 % au niveau national). Disposant d’un patrimoine naturel de premier plan (montagnes, forêts couvrant 36 % de sa surface, cours d’eau, parcs naturels, bocages) et de paysages très variés, la région bénéficie d’une grande diversité d’écosystèmes incluant trois parcs naturels régionaux (Haut-Jura, Morvan, Vosges).
La région est également dotée d’un réseau hydrographique très dense, avec comme principaux cours d’eau navigables la Saône et le Doubs. La Loire traverse le sud-ouest de la région au niveau de Nevers. Quant à la Seine, elle prend sa source en Côte-d’Or. Riche de sa biodiversité, la région est néanmoins exposée à des pressions similaires à celles rencontrées au niveau national. Une centaine d’espèces vertébrées sont aujourd’hui menacées, tout comme une espèce végétale sur dix, compromettant l’équilibre des écosystèmes en présence et pouvant entraîner une dégradation irrémédiable du patrimoine naturel.
La Bourgogne-Franche-Comté protège ainsi 16 réserves naturelles régionales, couvrant 4 863 hectares, soit 9 % des surfaces totales de réserves naturelles régionales de France.